Потому что Пейн убил его, так сказать, прямым способом, то есть нанес физический урон колюще-режущими предметами, а в Конохе он валил народ с помощью своей особой техники. Походу он имел технику обратного действия, с помощью который он воскресил Какаши, Шизуэ и остальных.

Минато считал что Девятихвостый не случайно напал на Коноху, и думал что его сын сможет во вем разобраться + для его защиты, т.к он запечатал только половину чакры + не запечатывать же самого сильного известного Биджуу в кого попало

Не совсем ясно что ты имеешь в виду, но судя по его маске он Ойнин Скрытого Тумана - ниндзя выслеживающий и убивающий бежавших шиноби своей деревни, т.к. их тела содержат секреты деревни, которые не должны достаться врагу. Но он подельник Забузы, а маска лишь для прикрытия.