У меня целая теория). Младший сын мудреца Рикудо получил его тело, а значит он физически мог быть джинчурики при необходимости (а риннеган он мог пробудить и при особых условиях). Клан Узумаки скорее всего состоял из потомков младшего сына (их чакра вполне подходит для контроля того же Лиса). Остается только создать условия для пробуждения риннегана. Мадара во время той войны мог с помощью гендзюцу заставить ниндзей Конохи напасть на родителей Нагато (они опешили, после того, как убили их). Ну и Нагато из за сильных негативных эмоций смог пробудить риннеган. К тому же Мадара после ухода всегда был зол на Коноху...