Во вступлении, которое, относительно настоящих событий, переносит нас в будущее, появляется Саске в пристанище Орочимару вместе с Командой Какаши: Наруто, Сакура и их новый член команды - Сай. Наруто говорит с Саске о прошлом, о Долине Завершения... Реальная же история сериала начинается с возвращения Наруто и Джирайи в Коноху. Нам вновь представляют некоторых персонажей аниме, таких как Сакура, Конохамару, Шикамару, Темари и Какаши. Новая история, новые враги! Ураган несет всех в погоню за новыми сражениями!
Наруто узнает, что из всех своих сверстников он единственный оставшийся Генин. Какаши еще раз предлагает своим бывшим ученикам пройти испытание с колокольчиками. А в это время в Селении Песка, где Гаара стал новым Казекаге, появляются два члена Акацуки: Дейдара и Сасори. Пять Великих Стран Шиноби уже зранее оповещены о способностях этой организации, но сможет ли помочь всем эта информация?